پایان نامه بررسی تنوع ژنتیکی شگ ماهی خزری-Alosa braschnikowi broodine,1904- در سواحل جنوبی دریای خزر با بهره گرفتن از نشانگر ریزماهواره

دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان

دانشکده شیلات و محیط زیست

پایان نامه جهت اخذ درجه کارشناسی ارشد در رشته

شیلات، گرایش بوم شناسی آبزیان شیلاتی

بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری–Alosa braschnikowi broodine,1904– در سواحل جنوبی دریای خزر با بهره گرفتن از نشانگر ریزماهواره

استاد راهنما:

دکتر علی شعبانی

استاد مشاور:

دکتر حامد کلنگی میاندره

تابستان1393

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

چکیده

شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi) یکی از گونه­ های بومی ماهیان استخوانی حاضر در دریای خزر می­باشد که از فراوانی و پراکنش نسبتا بالایی برخوردار است و در سطوح پایین هرم اکولوژیک قرار­دارد. علی­رغم اهمیت اکولوژیکی بالای شگ­ماهیان، هیچ­گونه اطلاعاتی از ژنتیک جمعیت اعضای جنس Alosa در دریای خزر وجود ندارد. لذا تحقیق حاضر با هدف بررسی تنوع ژنتیکی شگ­ماهی خزری (A. braschnikowi) با استفادهاز شش جفت نشانگر ریزماهواره (AsaD030، AsaD042، AsaC051، AsaC059، AsaD312 و AsaD392) در سواحل جنوبی دریای خزر صورت­پذیرفت. جهت انجام این تحقیق تعداد 140 عدد ماهی از گونه مورد نظر در پنج منطقه انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری با بهره گرفتن از صید پره نمونه برداری شد (هر منطقه 28 عدد) و استخراج DNA با­استفاده از بافت باله دمی صورت گرفت. تمامی جایگاه­های ژنی مورد استفاده در این مطالعه به خوبی حالت پلی مورفیسمینشان دادند. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی این ماهی نشان داد که میزان متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده 568/0 بود که مقدار متوسط آن در مناطق انزلی، گمیشان، محمودآباد، میان­کاله و ساری به ترتیب 524/0، 518/0، 637/0، 500/0 و 661/0 به­دست آمد. شاخص غنای آللی برای مناطق مورد بررسی 63/12 به­دست آمد. بررسی تعادل هاردی واینبرگ در جمعیت­ها میزان انحراف بالایی را از تعادل در سطح جایگاه­ها نشان داد و از بین 30 حالت ممکن (شش جایگاه × پنج جمعیت)، 29 حالت از تعادل خارج بودند و انحراف معنی­داری نشان دادند. (05/0P<). میانگین جریان ژنی و ضریب درون آمیزی محاسبه شده بین مناطق به ترتیب 31/9 و 349/0 بود. نتایج حاصل از آنالیز واریانس مولکولی براساس شاخص Fst تنوع ژنتیکی درون مناطق را بالا (96%) و میزان تمایز بین مناطق را نسبتا پایین (4%) نشان داد ولی شاخص Rst توانست تنوع ژنتیکی بالاتری را بین مناطق (40 درصد) نمایش دهد. نتایج به­دست­آمده در این مطالعه نشان­دهنده غنای آللی نسبتاً مناسب این گونه بوده ولی احتمال در تنگنا قرار­گرفتن در آینده به‌خاطر ویژگی گله­ای بودن آن وجود دارد. به­نظر می­رسد احیای زیستگاه­ها و جلوگیری از صید ناخواسته بی­رویه این گونه می ­تواند در بالا نگه­داشتن اندازه جمعیت مؤثر آن مفید واقع شود.

واژگان کلیدی: آلل،تنوع ژنتیکی، دریای خزر، ژنتیک جمعیت، نشانگر ریزماهواره، Alosa braschnikowi

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

1- مقدمه. 2

1-1- کلیات… 2

2-1- رده‌بندی.. 2

3-1- خصوصیات کلیدی.. 3

4-1- پراکنش و تخمریزی.. 3

5-1- زیستگاه 3

6-1- سن و رشد. 3

7-1- غذا 4

8-1- ذخیره 4

9-1- مطالعه فرا جمعیت­ها 5

10-1- تنوع ژنتیکی و کمی کردن آن. 6

11-1- عوامل مؤثر بر تنوع ژنتیکی.. 6

1-11-1- رانش ژنتیکی.. 7

2-11-1- گردنه بطری.. 7

3-11-1- انتخاب طبیعی.. 8

4-11-1- روش تولید مثل.. 8

12-1- انواع نشانگرهای ژنتیکی.. 8

1-12-1- نشانگرهای مورفولوژیکی.. 9

2-12-1- نشانگرهای پروتئینی.. 9

3-12-1- نشانگرهای مولکولی DNA و RNA.. 10

13-1- سنجش فراوانی آللی.. 13

14-1- تغییر فراوانی آللی.. 14

15-1- موازنه هاردی- واینبرگ و دلایل انحراف از آن. 14

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

16-1- آماره F. 16

17-1- فاصله ژنتیکی (Nei, 1978) 17

18-1- ضرورت تحقیق.. 18

19-1- اهداف… 19

20-1- فرضیه ­ها 20

1-2- مروری بر مطالعات انجام شده در داخل کشور. 22

2-2- مروری بر مطالعات انجام شده در خارج از کشور. 24

3- مواد و روش­ها 30

1-3- نمونه‌برداری.. 30

2-3- استخراج DNA.. 31

3-3- نحوه استخراج DNA.. 33

4-3- مراحل استخراج DNA.. 33

5-3- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده 34

6-3- ارزیابی کیفیت DNA با بهره گرفتن از الکتروفورز افقی ژل آگارز یک درصد. 36

7-3- واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 37

1-7-3- انجام واکنش زنجیره­ای پلیمراز (PCR) 37

8-3- بهینه‌سازی PCR.. 38

9-3- الکتروفورز محصول PCR، با بهره گرفتن از ژل پلی آکریل آمید 6%. 38

10-3- روش تهیه ژل آكریل آمید. 39

11-3- رنگ آمیزی ژل پلی آکریل آمید با روش نیترات نقره 40

12-3- ثبت تصاویر. 40

13-3- آنالیز آماری.. 41

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                صفحه

4- نتایج.. 44

1-4- نتایج حاصل از بررسی کیفیت و کمیت DNA استخراجی از شگ­ماهی براشنیکوی در مطالعه حاضر  44

2-4- نتایج حاصل از واکنش زنجیره­ای پلیمراز. 45

3-4- فراوانی و تعداد آلل­ها 47

4-4- تعداد آلل­های واقعی (N_a) و مؤثر (N_e) 50

5-4- تنوع ژنتیکی.. 51

6-4- شاخص شانون. 52

7-4- تعادل هاردی- واینبرگ… 53

8-4- نتایج آزمون واریانس مولکولی (AMOVA) 54

9-4- شباهت و فاصله ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (Nei Index) 56

5- بحث… 60

1-5- مطالعات تعداد نمونه، روش استخراج DNA و انتخاب نشانگرها 60

2-5- مطالعات تنوع ژنتیکی.. 61

3-5- مطالعات مربوط به تعادل هاردی- واینبرگ… 65

4-5- مطالعات مربوط به تمایز جمعیتی.. 67

5-5- مطالعات مربوط به شباهت و فاصله ژنتیکی.. 68

6-5- نتیجه‌گیری کلی.. 69

7-5- پیشنهادات اجرایی.. 69

8-5- پیشنهادات پژوهشی.. 70

فهرست منابع. 72

فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

جدول 1-4- جایگاه‌های ژنی مورد استفاده در این مطالعه و خصوصیات آن­ها 45

جدول 2-4- نتایج حاصل از ظرفیت اطلاعات چند شکلی (PIC) نشانگرهای مورد استفاده در مطالعه حاضر  45

جدول 3-4- تعداد و وزن آلل­های به­دست آمده بر حسب bp در سطح شش جایگاه ژنی مورد استفاده در این مطالعه  48

جدول 4-4- فراوانی آللی مشاهده شده در سطح جایگاه­های ژنی مورد مطالعه در این تحقیق.. 49

جدول 5-4- تعداد آلل­های واقعی (Na) و مؤثر (Ne) در سطح جایگاه­های ژنی مورد بررسی در پنج منطقه پراکنش شگماهی براشنیکووی (A. braschnikowi) 50

جدول 6-4- مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده (Ho) و مورد انتظار (He) جمعیت­های مورد مطالعه در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­های ژنی مورد بررسی.. 51

جدول 7-4- میانگین مقادیر هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار ±خطای استاندار در مناطق مورد مطالعه از ماهی A. braschnikowi 52

جدول 8-4- مقادیر محاسبه شده شاخص شانون برای مناطق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi در سطح جایگاه­ها 52

جدول 9-4-مقادیر محاسبه شده در بررسی تعادل هاردی- واینبرگ در مناطق مورد بررسی در شش جایگاه ژنی   53

جدول 10-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Fst 54

جدول 11-4- آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) تحت معیار Rst 54

جدول 12-4- مقادیر Fst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی.. 55

جدول 13-4- مقادیر Rst محاسبه شده بین مناطق بر اساس آنالیز واریانس مولکولی.. 55

جدول 14-4- مقادیر به­دستآمده از ضرایب تمایز (Fst) و درونآمیزی (Fis) در سطح جایگاه‌های ژنی مختلف در مطالعه حاضر  55

فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

جدول 15-4- مقادیـر جریـان ژنـی (Nm) مشـاهده شـده بین مناطـق مورد بررسی در ماهی A. braschnikowi 56

جدول 16-4- ماتریکس فاصله و شباهت ژنتیکی بر اساس شاخص نئی (نئی، 1972) 56

جدول 17-4- خلاصه­ای از نتایج تخصیص جمعیت­ها به خود و دیگر مناطق.. 57

فهرست شكل‌ها

عنوان                                                                                                                 صفحه

شکل 1-3- نقشه مناطق نمونه برداری ماهی A. braschnikowi در سواحل جنوبی دریای خزر در مطالعه حاضر  30

شکل 2-3- تصویر بیوفتومتر مورد استفاده در مطالعه حاضر. 35

شکل 3-3- تصویر دستگاه الكتروفورز افقی.. 37

شکل 4-3- تصویری از دستگاه الكتروفورز عمودی مورد استفاده در مطالعه حاضر. 39

شکل 5-3- تصویری از دستگاه مستند ساز ژل. 41

شکل 1-4- تصویری از ژل آگارز یک درصد و باندهای تشکیل شده از DNA بر روی آن. 44

شکل 2-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014998 بر روی ژل اکریل آمید  در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 3-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015000 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 4-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014992 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 5-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014993 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 46

شکل 6-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF014999 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 7-4- تصویر باندهای DNA ثبت شده توسط نشانگر EF015004 بر روی ژل اکریل آمید در ماهی A. braschnikowi 47

شکل 8-4- نمودار گرافیکی جدایی مناطق مورد بررسی در مطالعه حاضر. 57

شکل 9-4- دندروگرام UPGMA نمونه­های جمع­آوری شده شگ­ماهی براشنیکووی از مناطق مختلف بر اساس معیار شباهت ژنتیکی (نئی، 1978) 58

مقدمه

1-1- كلیات

دریای خزر باقیمانده دریای تتیس، به عنوان بزرگترین دریاچه جهان تعداد زیادی از گونه­ های آبزی را در خود جای داده است و حفظ این گونه­ ها به پایداری این اکوسیستم کمک شایانی می­نماید. تنوع ژنتیکی به عنوان یکی از سه سطح تنوع زیستی، به­عنوان پایه­ای و کلیدی­ترین بخش در سلسله مراتب تنوع نقش ایفا می­ کند. یکی از خانواده­های مهم ماهیان در دریای خزر، خانوده شگ ماهیان (Clupeidae) است که به فراوانی در سرتاسر دریای خزر پراکنش یافته است (پاتیمار و همکاران، 2013). این خانواده در دریای خزر شامل دو جنس بوده که از جنس­های معروف آن می­توان به جنس Alosa با بیشتر از چهار گونه در آب­های دریای خزر اشاره کرد (عبدلی و نادری، 2008). شگ­ماهی براشنیکووی (Alosa braschnikowi Borodin, 1904) از جمله ماهیان استخوانی حاضر در این دریاست که از تراکم و پراکنش نسبتاً مناسبی برخوردار است و بومی این دریا محسوب می­ شود و معمولاً در صیدهای پره به عنوان صید ضمنی مشاهده می­گردد ولی در خارج از فصل صید پره با بهره گرفتن از تورهای گوشگیر نیز صید می­ شود. شگ­ماهیان بطور عمده پلانکتون‌خوار بوده و نقش مهمی را در هرم اکولوژیک اکوسیستم دریای خزر به عنوان بزرگترین دریاچه جهان بازی می­ کند (عبدلی و نادری، 2008).

تعداد صفحه : 103

قیمت :14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.

پشتیبانی سایت :        *       [email protected]

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

  *