دانشگاه آزاد اسلامی
پایان نامه کارشناسی ارشد رشته مهندسی کشاورزی
عنوان :
مقایسه دو روش REML و بیزی در برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات اقتصادی مرغان بومی استان فارس
(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)
تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :
(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)
فهرست مطالب
عنوان صفحه
فصل دوم……………………..9
کلیات و مروری بر پژوهش های انجام شده……9
2-2 طبقه بندی مرغ از نظر جانور شناسی.. 10
2-3-2 پایین بودن مصرف سرانه پروتئین حیوانی و تولیدات طیور 11
2-3-3 کاهش تولید و مصرف گوشت قرمز. 11
2-3-4 سهولت تهیه تولیدات طیور و ارزش بالای آن از نظر تغذیه انسان. 12
2-4-1 نژادهای بومی مرغ در ایران. 13
2-5 خصوصیات مهم مرغان بومی.. 13
2-9 اهمیت برآورد پارامترهای ژنتیکی.. 18
2-9-1 مفهوم مولفه های واریانس و اجزاء آن. 18
2-10-1 اثر ژنتیکی افزایشی مادری.. 22
2-10-2 اثر محیطی دائمی مادری.. 23
2-11-1 بهترین پیش بینی نااریب خطی (BLUP) 24
2-11-2 مبانی نظری روش بهترین پیش بینی نااریب خطی.. 24
2-11-3 حداکثر درستنمایی محدود شده (REML) 27
2-12 پیشینه پژوهش های انجام شده در جهان و ایران.. 33
فصل سوم………48
3-1 تاریخچه و محل اجرای طرح.. 48
3-1-1 شیوه گزینش، شماره گذاری و رکوردگیری مرغ ها و خروس ها 49
3-1-2 جفت گیری و جوجه کشی.. 50
3-3 روش ها و محاسبات آماری و نرم افزارهای مورد استفاده. 52
3-5 نحوه آماده سازی فایل داده های نهایی برای تجزیه و تحلیل با نرم افزار Wombat و MTGSAM… 56
3-6 نحوه آرایش ستون ها در فایل ستون ها در فایل نهایی نرم افزار Wombat و MTGSAM… 57
3-9 آماره آزمون آکائیک (AIC). 60
3-10 تجزیه و تحلیل های دو متغیره با نرم افزار MTGSAM… 61
4-1 توصیفات آماری صفات اقتصادی مرغان بومی استان فارس… 63
4-1-1 وزن بدن در یک روزگی (BW1) 63
4-1-2 وزن بدن در هشت هفتگی (BW8) 63
4-1-3 وزن بدن در 12 هفتگی (BW12) 64
4-1-5 تعداد تخم مرغ تولیدی (EGGNO). 65
4-1-6 میانگین وزن تخم مرغ (28، 30 و 32 هفتگی) 65
4-2 عوامل موثر بر صفات اقتصادی.. 66
4-2-2 صفات مربوط به تخم مرغ. 67
4-3 برآورد مولفه های واریانس و پارامترهای ژنتیکی با بهره گرفتن از روش بیزی و REML.. 69
4-3-1 وزن بدن در یک روزگی (BW1) 69
4-3-2 وزن بدن در هشت هفتگی (BW8) 74
4-3-3 وزن بدن در 12 هفتگی (BW12) 76
4-3-5 تعداد تخم مرغ تولیدی (EGGNO). 82
4-3-6 میانگین وزن تخم مرغ (28، 30 و 32 هفتگی) 85
پیوست ها……110
1 بیان مسأله
تنوع زیستی اساس زندگی بر روی زمین است. کاهش تنوع گونه های زراعی و گونه های جانوری، یک تهدید جدی برای امنیت غذایی است. منابع ژنتیکی اموال عمومی هستند که حفاظت از آن به معنای خدمت به مردم میباشد. حفاظت از منابع ژنتیکی در کشاورزی مانند بیمه کردن محصولات کشاورزی در برابر تغییرات احتمالی (بیماری جدید و آفات) میباشد. حفاظت از منابع ژنتیکی برای ایمنی مواد غذایی و حصول اطمینان از کیفیت محصولات غذایی و همچنین سازگاری با تغییرات محیطی از قبیل تغییرات آب و هوا و مقاومت در برابر بیماری مهم است (عثمان[1] و همکاران، 2011).
در طی سالهای اخیر بحثهایی در مورد مدیریت ذخایر ژنتیکی دامهای اهلی در سطح بین المللی شروع شده و این بحثها عموماً برروی استراتژهای حفظ نژادهای کمیاب متمرکز گردیده است (جسوری و همکاران، 1391). دام و طیور از ذخایر استراتژیک جهان میباشند و حفظ و تکثیر آنها از ارزش و اهمیت بسیاری برخوردار است. این موجودات پس از هزاران سال انتخاب طبیعی و مصنوعی و نیز گذر از موانع بسیار و با غلبه برتمامی شرایط نامساعد محیطی همچنان به حیات خویش ادامه داده و به تکثیر و ازدیاد نسل پرداختهاند. همچنین نسبت به بسیاری از محدودیتهای محیطی سازگاری پیدا کرده اند (دهقان زاده و همکاران، 1383).
طبق نوشته داروین قدیمیترین اطلاعی که درباره ماکیان داریم مربوط به 4000 سال قبل است. از اشیاء گلی که در زیر خاکهای مکشوفه در هند و چین بدست آمده است، اینطور استنباط می شود که مرغ را به عنوان پرنده زینتی و تفریحی نگاهداری میکردند و خوردن تخم مرغ و گوشت متداول نبوده است. ولی به مرور که تخم مرغ را خوراکی یافتند به اهمیت نگاهداری مرغ از نظر غذایی پی بردند (زهری، 1388).
طیور بومی از منابع ژنتیکی با ارزش هر منطقه بوده و از جمله ویژگیهای آنها به دلیل داشتن تطابق با روش پرورش در شرایط باز و نامساعد روستاها، یک منبع تامین پروتئین مفید برای خانوارهای روستایی میباشد. طیور بومی قدرت سازگاری و مقاومت بیشتری در مقابل تنشهای محیطی و بیماریها دارند و نیازی به هزینه نگهداری، امکانات و تکنولوژی پرورشی ندارند. همچنین طیور بومی با استفاده بهینه از منابع غذایی و ضایعات غیر قابل استفاده برای پرورش دهندگان مقرون و به صرفه هستند (حسینزاده، 1389). در اینجا لزوم افزایش بازده تولید مرغ بومی برای تولید گوشت با کیفیت بالا و تولیدتخممرغ دیده می شود که میتوان به وسیله برنامه های اصلاح نژادی و شناسایی بهترین والدین برای نسل آینده بازده مرغان بومی را افزایش داد. توفیق برنامه های اصلاح نژادی بستگی به میزان تنوع موجود در جمعیت دارد و فقدان تنوع، قدرت انتخابهای ژنتیکی را محدود میسازد (نیکبختی و همکاران، 1386 ).
اکثر نژادهای مرغان بومی کشور از دسته مرغان آسیایی و نژادهای شرقی هستند. با تاکید بر این نکته که نژادهای بومی در هر کشور به عنوان یک سرمایه ملی محسوب میشوند، بنابراین حفظ این نژادها همراه با برنامه ریزی برای افزایش تولید و سودآوری آنها امری بسیار ضروری میباشد (قربانی و همکاران، 1386). با استناد به شواهد و مدارک موجود، از زمان ورود مرغان نیمه وحشی به ایران تاکنون ایرانیان در جهت پرورش و اصلاح نژاد طیور زحمات فراوانی را متحمل شده و به موفقیتهایی نیز رسیده اند. هر چند عوامل بازدارنده بسیاری بر سر راه روستائیان در جهت اصلاح هر چه مطلوبتر مرغان بومی از زمانهای پیشین تاکنون وجود داشته، اصلاح نژاد تجربی قبل از به وجود آمدن علم ژنتیک و یا اصلاح نژاد متکی بر اصول و قواعد ژنتیکی، توسط روستائیان انجام میگرفته است. در شرایط کنونی، روستائیان به نژادهای مقاوم با تولید مطلوب و منطبق با شرایط اقلیمی مختلف نیاز دارند. تعداد گروه های نژادی مرغان بومی ایران دقیقاً مشخص نیست، بعضی محققین آنها را حداکثر تا 35 گروه نژادی ذکرکرده اند (توکلیان، 1378).
با پیشرفت در کار بهنژادی مرغان بومی، سود حاصل از فعالیت در این بخش افزایش یافته و افراد بیشتری علاقمند به فعالیت در این بخش میشوند که نتیجه آن افزایش تولید، اشتغال و کاهش روند مهاجرت از روستا به شهر میباشد. ارزیابی مداوم گلههای مولد، متناسب با اهداف مورد نظر به منظور برآورد عملکرد، تدوین استراتژی آینده و جلوگیری از آثار جنبی ناشی از برنامه های ژنتیکی ضرورت دارد. هدف از اجرای هر برنامه بهنژادی، افزایش سود از طریق بهبود سطح ژنتیکی یک یا چند صفت مورد نظر است (قربانی و همکاران، 1386). دقت تخمین مولفه های واریانس اهمیت زیادی در اصلاح حیوانات دارد، زیرا با افزایش واریانس اشتباه پیشبینی، تفاوت بین مقدار پیش بینی شده و ارزشهای واقعی افزایش مییابد (ون تاسل و ون ولک[2]، 1996).
از مولفه های (کو)واریانس برای تخمین پارامترهای ژنتیکی مثل توارثپذیری و همچنین برآورد همبستگیهای ژنتیکی استفاده می شود. این پارامترها برای طراحی استراتژی های اصلاحی ضروری هستند. تخمین مولفه های (کو)واریانس استفاده وسیعی در اصلاح نژاد دام دارد که از آن جمله میتوان به تشکیل ساختار شاخص انتخاب، به دست آوردن یپیش بینی هاییBLUP[3] (بهترین پیشگویی نا اریب خطی) با بهره گرفتن از معادلات مختلط، تخمین وراثتپذیری و همبستگیهای فنوتیپی، ژنتیکی و محیطی و درک بهتر تاثیرات ژنتیکی و عوامل محیطی بر صفات اشاره نمود، لذا این مولفهها باید بطور دقیق برآورد گردند (هندرسون[4]، 1986). یکی از مهمترین پارامترهایی که از طریق این مولفهها بدست میآید، وراثتپذیری میباشد. در مجموع تخمین نااریب وراثتپذیری جهت نیل به نتایج قابل اعتماد و در نهایت پیشرفت سریع برنامه های اصلاح نژاد امری بدیهی است که این امر بستگی نزدیکی به نوع مدل، تعداد رکورد و صحت و دقت آنها دارد. روشهای مختلفی برای تخمین مولفه های (کو)واریانس استفاده می شود که از آن جمله میتوان به تجزیه واریانس، حداکثر درستنمایی و روش بیزی اشاره کرد. سادهترین روش برآورد پارامتر، تجزیه واریانس است که در آن فرض می شود حیوانات یک نمونه تصادفی از جامعه هستند ولی در جوامع حیوانات تجاری برای برنامه های اصلاح نژاد که در آنها انتخاب صورت میگیرد این فرض نمی تواند صادق باشد. از محدودیتهای دیگر این روش میتوان به برآورد منفی مولفه های واریانس اشاره نمود. برای از بین بردن این مشکلات روشهای جدید جایگزین شده که از قویترین روشها میتوان به روش حداکثر درستنمایی محدود شده (REML[5]) و روش بیزی[6] به عنوان مهمترین روشها اشاره کرد. در روش REML پیش فرض اساسی این است که نمونه ها از یک جامعه با توزیع نرمال هستند. این روش برای اثر انتخاب در جامعه تصحیح انجام میدهد و مولفه های واریانس را از طریق تکرار و همگرایی بدست می آورد (جسوری و همکاران، 1391).
یکی از تکنیکهای متداول روش بیزی نمونه گیری گیبس[7] میباشد. نمونه گیری گیبس یک روش انتگرال گیری عددی بوده و یکی از انواع روشهای مونت کارلوی زنجیره مارکوف (MCMC[8]) است. روش زنجیره مونت کارلو مارکوف یک روش شبیهسازی عمومی برای نمونه گیری از توزیعهای پیشین و محاسبه توزیع پسین برای کمیتهای مورد نظر میباشد. این روش به طور متوالی نمونه ها را از یک توزیع هدف نمونه گیری می نماید و از آنجا که هر نمونه بستگی به نمونه قبلی دارد لذا این نوع نمونه گیری تشکیل زنجیره مارکوف را میدهد و از نمونه گیری تولید شده توزیع پسین برای پارامتر مورد نظر استفاده می شود (دیمی غیاثآبادی و همکاران، 1391).
با تاکید بر اهمیت مرغ بومی به عنوان یک منبع ژنی در این پژوهش از رکوردهای نسل 17، 18 و 19 ام مرغان بومی مرکز اصلاح نژاد فارس استفاده شد. هدف از این پژوهش مقایسه دو روش REML و بیزی در برآورد پارامترهای ژنتیکی مرغان بومی استان فارس در 3 نسل آخر بود. برای این منظور جهت برآورد پارامترهای ژنتیکی با بهره گرفتن از روش حداکثر درستنمایی محدود شده از نرم افزار Wombat و در روش بیزی از نرمافزار[9]MTGSAM استفاده شد. آنالیزها با هر دو مدل تک و چند متغیره انجام گرفت. تاثیر عوامل محیطی دائمی مادری و ژنتیک افزایشی مادری نیز در برآورد وراثتپذیری بررسی شد.
فرضیه H0: در برآورد پارامترهای ژنتیکی تفاوتی بین روش حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی نیست.
فرضیه H1 : در برآورد پارامترهای ژنتیکی بین دو روش حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی تفاوت وجود دارد.
- مقایسه دو روش REML و بیزی در برآورد پارامترهای ژنتیکی صفات اقتصادی مرغان بومی استان فارس
- بررسی اهمیت وارد کردن اثر عوامل محیطی مادری و ژنتیک افزایشی مادری به اثر ژنتیک مستقیم در مدل حیوانی
- کمک به حفظ منابع ژنتیکی با ارزش مرغان بومی
- کمک به ایجاد لاین مختص به مرغان بومی ایران
- سودآوری بالاتر در حرفه مرغ بومی
این اولین پژوهشی است که با روش بیزی و حداکثر درستنمایی محدود شده بر روی صفات اقتصادی مرغان بومی استان فارس طی نسلهای 17، 18 و 19 می پردازد.
فصل دوم
کلیات و مروری بر پژوهشهای انجام شده
در جهان امروز یکی از مشکلات اساسی بشر تامین نیازهای غذایی است، بهگونهای که امنیت غذایی به عنوان یکی از اهداف مهم سرلوحه برنامه های دولتها قرار گرفته است. کشاورزی به دلیل داشتن نقش حیاتی در تامین غذای مورد نیاز جامعه، یکی از مهمترین بخشهای اقتصادی کشور محسوب می شود. بدون شک به منظور نیل به امنیت غذایی، علاوه بر اتخاذ سیاستهای مطلوب و برخورداری از منابع کافی باید تولید کشاورزی بهگونهای باشد که تمامی نیازهای جامعه را برآورد کند. جمهوری اسلامی ایران، از معدود کشورهایی است که از شرایط آب و هوایی بسیار متنوع بهرهمند است. تنوع آب و هوایی یکی از مزایای بسیار ارزشمند است که تنوع محصولات کشاورزی را به همراه دارد (آمارنامه کشاورزی، 1390).
طیور در حال حاضر بزرگترین گونه های جانوری در سرتاسر جهان هستند (فائو[10]، 2000). تولیدات طیور از سال 1940 هنگامی که روشهای مدرن تولیدی ویژه به همراه نژادهای جدید معرفی شدند در جهت امنیت غذایی و اقدامات بهداشتی پیشگرانه دستخوش تغییرات سریع شدند، همچنین این تولیدات بیش از 30% از پروتئین حیوانی مصرفی را تامین می کنند (پریمن و پدرسون[11]، 2000). موسسه بین المللی تحقیقات سیاست غذایی برآورد کرده که در سال 2015 تولیدات طیور 40% از پروتئین حیوانی را تشکیل خواهد داد (ایفپری[12]، 2000).
2-2 طبقه بندی مرغ از نظر جانور شناسی
حیوانات به چند شاخه بزرگ تقسیم میشوند یکی از آنها شاخه مهرهداران[13] است. این شاخه دارای ردههای متعددی است که رده آوس[14] یا پرندگان یکی از آنها است. زیر راسته آن موسوم به گالی [15]است که تیره سیخکداران یا فازیابنده[16] جزو آن است. در تیره سیخکداران زیر تیره تولکروندگان یا فاسیالینه[17] قرارگرفته اند که شامل جنس گالوس[18] میباشد که در این جنس نوع گالوس دومستیکوس[19] یا مرغ خانگی قرارگرفته است (زهری، 1388).
گفته می شود که همه نژادهای مرغ از چهار نوع وحشی زیر حاصل شده اند:
- گالوس- گالوس مثل مرغ جنگلی قرمز
- گالوس- لافایتی مثل مرغ جنگلی سیلان
- گالوس- سورناتی مثل مرغ جنگلی خاکستری
- گالوس- واریوس مثل مرغ جنگلی آبی و سبز
هر چهار گونه در مناطق آسیایی شرقی یافت میشوند. طی هزاران سال انواع وحشی مرغ با هم آمیخته شده و یا توسط انسان آمیزش داده شده اند که منجر به پیدایش نژادهای فعلی گردیده است (استیون[20]، 1991).
تعداد صفحه :110
قیمت :14700 تومان
بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد
و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود.
پشتیبانی سایت : * parsavahedi.t@gmail.com
در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.
14,700 تومانافزودن به سبد خرید